Это по желанию, комиссия снимается один раз с одним и тем же процентом.
Хотя при пополнении через кабинет есть несколько плюсов: пополнить счёт можно из дома, с вводом логина трудно ошибиться, для пополнения выбрать можно какую угодно сумму, все чеки хранятся в электронном виде в статистике платежей.
(личный опыт)